袋式除塵器的初期運行是指啟動后兩個月之內的運行。這兩個月之內是袋式除塵器容易出現毛病的時期，只有在充分注意的情況下有問題及時排除，才能達到穩定運行的目的。
1、處理風量
為了穩定濾袋的壓力損失，運行初期往往采用大幅度提高處理風量的辦法。讓氣體順利流過濾袋。此時如果風機的馬達過載，可用總閥門調節風量。因為這種情況快則幾分鐘，慢則幾天才能恢復正常。所以，在開始好用壓力表進行觀察，也可以從控制盤上電流表的讀數推算出相應的風量值。
2、溫度調整
用袋式除塵器處理常溫氣體一般不成問題，但處理高濕氣體時，初運行  ，若不予熱 ，濾袋容易打濕，網眼會嚴重堵塞，甚至無法 運行。另外，濾袋若不充分干燥，往往會出現結露現象。準確預測袋式除塵器的露點是困難的，因此須注意由于結露而造成的濾料網眼堵塞和除塵器機殼內表面的腐蝕問題。
3、除塵效率
濾袋上形成一層粉塵吸附層后 ，濾袋的除塵效率應當很好。這時，由于初期處理風量增加，袋式除塵器處于不穩定狀態。因而測定除塵率好從運行若干天或一個月后進行較好。在穩定狀態下，顆粒細的低濃度粉塵其除塵效率一般應在99.5%以上。
4、粉塵的排出
收集在灰斗的粉塵，既可以自動排出也可以手動排出，但須按規定的順序排出。運轉初期，經常一到數天都不排灰，這些粉塵在布袋上，一直打到除塵器的大 容塵量為止，此后按順序排出。粉塵排出的周期不正確，不能形成穩定的運轉制度。一般當回收的粉塵量過多的時候，多是因為初設計的予定值不準確。如達不到灰塵量的予定值，開始時須不斷的取出灰塵以控制回收量的多少。
5、袋式除塵器的安裝
袋式除塵器安裝并使用1-2個月后，袋會變長。袋變松弛后，一方面容易和鄰接的布袋箱接觸而磨損，另一方面在松弛部分，由于粉塵堆積和摩擦而使布袋產生孔洞。另外，由于拉力消失，使清灰效果變差而產生布袋網眼的堵塞。因此在設備安裝1-2 個月后進行檢查，并對拉力進行調整。雖然彈簧式的袋式除塵器可以不必調整，但也應當經常檢查，運轉一年后，須把不合適的彈簧換掉。
6、附屬設備
管道和吸塵罩是重要附屬設備，在運轉初期時很容易通過異常振動，吸氣不好，操作不良等故障來判斷。運行時，要注意排風機有無反轉，并及時給風機上油，雖然目前大部分風機都帶有自動啟動裝置而使事故較少，但是在沒有自動啟動的情況下，由于啟動失敗后致使電源的保險絲燒斷，馬達單相運轉，從而燒毀事故在運轉初期時有發生。
 此外氣體溫度的急劇變化，對風機也有不良的影響，應避免這種情況。因為溫度的變化，可能引起風機軸的變化，形成運行不平衡狀態，引起震動。而且在停止運行時，如溫度急劇下降，再開動的時候也有產生振動的危險。